中国电子口岸数据中心深圳分中心是中国电子口岸数据中心的分支机构，也是深圳海关直属正处级事业单位，具有独立法人资格，经费独立核算，实行深圳海关和中国电子口岸数据中心双重领导，以深圳海关的领导为主，业务上接受总署数据中心的指导、监督。